Archéologie préhistorique; nord-est américain; côte nord du Pérou; Costa Rica Peuplement du Québec; variabilité culturelle des Iroquoiens; émergence de la complexité sociale et des chefferies au Costa Rica, développement de l’urbanisme et de l’État; la civilisation Moche (Mochica) et expansion de l'État Moche dans la vallée de Santa.

Dans sa recherche, Christina Halperin s’intéresse à la politique dans la culture des Mayas anciens en prenant pour axe central la maisonnée, sa politique économique, le genre, la matérialité et la vie quotidienne au sein de cette unité sociale. Sa bibliographie compte de nombreuses publications sur des sujets variés tels que la production des textiles Maya à la période classique, les figurines céramiques, l’analyse chimique des poteries polychrome et l’archéologie du paysage.

Son ouvrage le plus récent, Maya Figurines: Intersections between State and Household (University of Texas Press, 2014), porte sur les relations entre la maisonnée et l’État sous la perspective des petites figurines céramiques retrouvées dans des contextes d’unités domestiques. Elle a co-édité le livre, Mesoamerican Figurines: Small-Scale Indices of Large-Scale Social Phenomena (2009), primé par le CHOICE Outstanding Academic Title. Depuis 1997, Christina Halperin a réalisé des fouilles archéologiques, des analyses en laboratoire et de la recherche muséale sur de nombreux sites aux Guatemala, Mexique, ainsi qu’au Bélize. Actuellement, elle dirige le Proyecto Arqueológico Ucanal in Petén, au Guatemala afin d’examiner les interactions cosmopolites à la veille de l’effondrement politique des Mayas classiques.